Presbyteri Banten hadir di bawah naungan Sinode Gereja Presbyterian Indonesia (GPI), yang secara resmi didirikan pada tanggal 7 Maret 1999 di Jakarta. Pendirian Sinode ini disahkan melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen Protestan, Departemen Agama Republik Indonesia, dengan nomor: F/Kep.HK/005/131/3748/1999. Kehadiran Sinode GPI di Provinsi Banten dimulai sejak provinsi ini dimekarkan dari Provinsi Jawa Barat pada tahun 2000. Beberapa tahun kemudian, pelayanan GPI berkembang di sejumlah kota, termasuk Kabupaten Tangerang, di bawah kepemimpinan Pendeta Daniel Herman Kambey bersama tim pelayanan.
Presbyteri Banten terbentuk melalui proses pengembangan pelayanan gereja lokal, khususnya di GPI Jemaat Moriah oleh Pendeta Gunar Sahari bersama tim pelayanannya di Gading Serpong, Tangerang, Banten. Peneguhan Jemaat GPI Moriah dilaksanakan oleh Majelis Pekerja Harian (MPH) Sinode GPI pada tahun 2008, di bawah pimpinan Ketua Sinode Pendeta Daniel Herman Kambey. Momen tersebut sekaligus menjadi ajang peneguhan Pengurus Presbyteri Banten. Pendeta Gunar Sahari, yang kala itu menjabat sebagai Ketua Majelis Jemaat (KMJ) Jemaat Moriah, ditunjuk sebagai Ketua Presbyteri Banten, didampingi oleh Pendeta Antonis Missa dan Pendeta Yunus Selan. Ketiganya melayani bersama hingga tahun 2014.
Pada tahun 2014, Pendeta Gunar Sahari mengundurkan diri dari pelayanan di GPI Jemaat Moriah. Dengan demikian, jabatan beliau sebagai Ketua Presbyteri Banten secara organisasi pun berakhir dan harus digantikan. Menyikapi kekosongan kepemimpinan yang terjadi selama beberapa bulan, MPH Sinode GPI di bawah kepemimpinan Pendeta Daniel Herman Kambey melakukan evaluasi dan menetapkan pembaruan struktur kepengurusan Presbyteri Banten. Pada tahun yang sama, struktur kepengurusan baru terbentuk dan diteguhkan oleh Majelis MPH Sinode GPI. Dalam kepengurusan tersebut, Pendeta Anton Missa ditunjuk sebagai Ketua Presbyteri Banten dan Pendeta Yunus Selan sebagai Sekretaris, didampingi oleh rekan-rekan pelayanan lainnya yang bersama-sama melayani hingga tahun 2021.
Selama periode ini, sekretariat Presbyteri Banten berpusat di GPI Jemaat Moriah, dan berbagai kegiatan seperti pertemuan rutin, perayaan Paskah, dan perayaan Natal juga terpusat di sana. Saat itu, hanya terdapat dua jemaat resmi yaitu GPI Jemaat Moriah dan GPI Jemaat Sinai, yang kemudian bertambah dengan kehadiran GPI Jemaat Efata Serpong yang juga diteguhkan oleh MPH Sinode GPI di bawah pimpinan Pendeta Daniel Herman Kambey. Pelayanan Presbyteri Banten terus berkembang, ditopang oleh keterlibatan banyak pendeta yang melayani di sekitar Tangerang. Meskipun tidak semua mendirikan jemaat GPI secara langsung, mereka diutus melayani di beberapa Pos Pelayanan dan Pemberdayaan Umat Kristen (POUK) serta mengajar di Sekolah Tinggi Teologi (STT) di wilayah Tangerang.
Pada tahun 2020 hingga 2021, dua jemaat baru kembali diteguhkan, yakni GPI Jemaat Alfa Omega dengan Pendeta Yeremia Gulo sebagai Ketua Majelis Jemaat (KMJ), serta GPI Jemaat Sahabat dengan Pendeta Marianto Zalukhu sebagai KMJ. Keduanya diteguhkan oleh MPH Sinode Gereja Presbyterian Indonesia dan turut memperkuat pelayanan Presbyteri Banten.
Memasuki tahun 2021, terjadi perubahan struktural yang signifikan. Selain karena masa jabatan kepengurusan sebelumnya telah berakhir, GPI Jemaat Moriah juga memutuskan untuk memisahkan diri dari Sinode GPI. Hal ini mendorong terbentuknya kepengurusan baru Presbyteri Banten melalui Sidang Sinode Istimewa GPI ke-V tahun 2021. Dalam struktur baru tersebut, Pendeta Yunus Selan ditunjuk sebagai Ketua Presbyteri Banten, didampingi oleh tim pelayanan yang masih aktif melayani hingga saat ini, tahun 2025.
Presbyteri Banten terus berkomitmen mengembangkan pelayanan melalui Sinode GPI, tidak hanya di wilayah Banten, tetapi juga merambat ke daerah-daerah lain melalui pelayanan pendidikan dan penanaman gereja lokal. Hingga kini, telah ada dua jemaat lokal yang sedang dibina, yakni di wilayah Cisoka dan sekitarnya oleh Pendeta Tolop Oloan Marbun, serta di wilayah Gading Serpong dan sekitarnya oleh Guru Injil Oktovianus Taebenu. Harapan kami, melalui berbagai kegiatan dan pelayanan ini, semakin banyak jiwa yang terjangkau dan diberkati melalui pelayanan Presbyteri Banten.